自动化专业是自动化学院的唯一本科专业，其支撑控制科学与工程、系统科学两个学科。依托自动化专业建有“系统科学”博士后流动站；“系统科学”一级学科博士学位授权点；“控制科学与工程”一级学科硕士学位授权点；“控制工程”领域工程硕士专业学位授权点，并获批教育部卓越工程师培养计划；“系统理论”是山东省特色重点学科，“控制理论与控制工程”是山东省重点学科；自动化学院获批“工程学”山东省一流学科（专项经费1亿元），“系统科学”山东省一流学科（专项经费5000万元）。
自动化专业拥有“智能自动化装备与机器人”、“测控技术与网络系统”、“运动控制系统”、“过程控制系统”四个专业方向，其培养目标定位是工程研究应用型人才。自动化专业培养目标是：培养适应社会与经济发展需要的德、智、体、美、劳全面发展的人才，知识、能力、素质协调发展，具有社会责任感、职业道德、国际视野、组织沟通能力、创新精神，系统掌握自动化领域的理论知识和专业技能，理论基础扎实、实践能力强，具有解决实际工程问题能力，成为在制造业、信息技术产业等领域从事运动控制、过程控制、测控技术与网络、制造系统自动化、自动化仪表和设备、电力电子技术、机器人控制等方面的设计、开发、维护、管理和科研等工作的高级工程技术人才。
